১৯৯৪ সালের ৩ ফেব্রুয়ারি তারেক রহমানের সঙ্গে তার বিয়ে হয়। তারেক রহমান ও জুবাইদা রহমান দম্পতির একমাত্র কন্যা ব্যারিস্টার জাইমা রহমান।

২০০৮ সালে তারেক রহমানের কারামুক্তির পর শিক্ষাছুটি নিয়ে জুবাইদা রহমান স্বামীর সঙ্গে লন্ডন চলে যান। দীর্ঘ ১৭ বছর পর এ বছর ৬ মে তিনি বিএনপি চেয়ারপারসন বেগম খালেদা জিয়ার সঙ্গে দেশে ফেরেন। আবার ৫ জুন লন্ডন চলে যান।

ডা. জুবাইদা রহমানের বাবা রিয়ার অ্যাডমিরাল মাহবুব আলী যিনি সাবেক রাষ্ট্রপতি জিয়াউর রহমানের শাসনামলে বাংলাদেশের নৌবাহিনীর প্রধান ছিলেন। বাংলাদেশের স্বাধীনতাযুদ্ধের সর্বাধিনায়ক জেনারেল এমএজি ওসমানী জুবাইদা রহমানের চাচা। তিনি অ্যামনেস্টি ইন্টারন্যাশনালের সাবেক সেক্রেটারি জেনারেল আইরিন খানের চাচাতো বোন।